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ports/databases/sqlite3

FreeBSDのports/databases/sqlite3のライブラリバージョンがこっそり変更されたようです。libsqlite3.so.8だったものがlibsqlte3.so.0.8.6に変わっています。リンク切れになるportsもあるようですので、調べて再コンパイルしたほうがよいようです。